PT. Pupuk Iskandar Muda memiliki komitmen yang sangat kuat bahwa pengendalian limbah pabrik, baik limbah cair, padat, gas maupun debu merupakan aspek penting yang harus diprioritaskan pengelolaannya. Upaya pengendalian lingkungan yang dilakukan dengan cara mencegah terjadinya pencemaran lingkungan seminimal mungkin. 

•

Pengendalian limbah dilakukan dengan proses stripping, scrubber, recovery, aerasi dan netralisasi. 

Pemanfaatan gas buang (purge gas), sehingga dihasilkan H₂ murni dengan system Hydrogen Recovery Unit.

Pemanfaatan condensate, sehingga dihasilkan condensate yang tidak mengandung amoniak dengan sistem stripping. 

Penyerapan gas amoniak, sehingga dapat mencegah terjadinya pencemaran udara dengan sistem scrubber.

Pengelolaan limbah cair dengan sistem aerasi dan netralisasi, sehingga limbah cair yang dibuang ke media lingkungan, memenuhi baku mutu dan tidak mencemari lingkungan. 

Pemasangan silencer (peredam) pada alat mesin, sehingga kebisingan yang ditimbulkan dapat dikurangi. 

Penyerapan debu urea dengan dust recovery system, sehingga dapat mengurangi pencemaran debu urea.